Jacobus Arminius werd geboren in Oudewater. Zijn vader, Hermann Jacobs,een wapensmid, was voor zijn geboorte al overleden. Hij werd geadopteerd door Theodorus Aemilius, een Oudewaterse priester, die tot het protestantisme was overgegaan. Hij verhuisde naar Utrecht met Aemilius en werd naar een school in Utrecht gestuurd. Toen  Aemilius stierf in 1574 of 1575 ontmoette hij, als arme student, zijn stadgenoot Snellius van Royen. Deze zorgde voor zijn opvoeding en nam hem mee naar Marburg. Toen hij hoorde dat de Spanjaarden in Oudewater hadden huisgehouden, keerde hij terug naar Oudewater, waar hij vernam dat zijn familie was vermoord. Hij vertrok naar de pas opgerichte universiteit van Leiden om daar theologie en vrije kunsten te studeren van 1576 tot 1582. Hij studeerde met succes en kreeg een beurs van het kramersgilde uit Amsterdam om verder te studeren in Genève. Na zijn reizen naar Bazel- Genève -Padua en Rome werd hij in 1587 beroepen tot predikant in Amsterdam en in 1588 bevestigd als predikant van de Oude Kerk. Hij trouwde in 1590 met Lijsbet Reael (1569-1648).

In 1603 werd hij benoemd tot hoogleraar theologie te Leiden. Gomarus , ook hoogleraar, protesteerde hier heftig tegen. Hun conflict draaide om de rechtvaardigingsleer en het leerstuk van de predestinatie.

Al snel groeide het religieuze meningsverschil uit tot een nationale politieke strijd. Arminius en Gomarus werden opgeroepen voor het Hof van Holland, maar dat loste niets op .In 1609 was er een nieuwe zitting, waar Arminius de zaal door ziekte moest verlaten. Hij stierf datzelfde jaar op 19 oktober en werd in de Pieterskerk begraven.

Pas in 1618 zou tijdens de Synode van Dordrecht besloten worden dat de leer van Gomarus de leer van de Gereformeerde Kerk was. De volgelingen van Arminius richtten in 1619 de Remonstrantse Broederschap op.